Home Page | Tài liệu chuyên môn | Bạn cần biết | Thông tin hội nghị | Liên hệ

 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI 2 VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU: 5’NC VÀ NS5B CỦA BỆNH NHÂN VIỆT NAM TẠI TRUNG TÂM Y KHOA MEDIC.

Phạm Thị Thu Thủy
Hồ Tấn Đạt
Nguyễn Bảo Toàn
Trung Tâm Y Khoa Medic -TP HCM

Tóm tắt.
Đặt vấn đề: Kiểu gen siêu vi viêm gan C đóng vai trò quan trọng trong tiên lượng khả năng thành công của điều trị cũng như thời gian cần thiết của điều trị. Đặc biệt với sự ra đời các thế hệ thuốc uống mới (DAA) thì yêu cầu xác định chính xác kiểu gen siêu vi viêm gan C giữ vai trò cực kỳ quan trọng, vì mỗi loại thuốc uống chỉ được chỉ định cho những kiểu gen nhất định. Một số nghiên cứu đã công bố cho thấy sự xác định lầm kiểu gen 6 thành kiểu gen 1 khi định kiểu gen trên đoạn 5’NC so với việc xác định kiểu gen siêu vi C trên đoạn gen NS5B hay đoạn gen C (Core).
Mục tiêu nghiên cứu:

• Xác định tần suất kiểu gen của bệnh nhân Việt Nam viêm gan siêu vi C mạn điều trị tại Trung Tâm Y Khoa MEDIC khi giải trình tự trên đoạn gen 5’NC và NS5B.
• Tìm hiểu tần suất của các kiểu gen khác nhau khi thực hiện giải trình tự trên đoạn gen NS5B ở các trường hợp đã xác định kiểu gen 1 khi giải trình tự trên đoạn gen 5’NC.

Vật liệu và phương pháp:
Đây là 1 nghiên cứu hồi cứu cắt ngang. Chúng tôi hồi cứu trên 3 nhóm bệnh nhân: Nhóm 1 là tổng cộng 3686 trường hợp định kiểu gen siêu vi C trên đoạn gen 5’NC( nam chiếm 48,86%, nữ chiếm 51,14% với độ tuổi trung bình là 49,20 ± 11,48 từ
tháng 01/2007 đến tháng 08/2011); Nhóm 2 là tổng cộng 176 trường hợp định kiểu gen siêu vi C trên đoạn gen NS5B( nam chiếm 43,18%, nữ chiếm 56,81% , với độ tuổi trung bình là 50,01 ± 8,63 từ tháng 8/2013 đến tháng 5/2014); Nhóm 3 là 101 trường hợp lấy ngẫu nhiên kiểu gen 1 khi xác định trên đoạn gen 5’NC xác định lại kiểu gen siêu vi C trên đoạn NS5B (nam chiếm 41,58%, nữ chiếm 58,42% với độ tuổi trung bình 53,12 ± 11,02 từ tháng 8/2013 đến tháng 4/2014).
Dùng kỹ thuật giải trình tự để xác định kiểu gen siêu vi C: Đối với đoạn gen 5’NC thực hiện trên hệ thống Trugene của Siemens, đối với đoạn gen NS5B thực hiện trên hệ thống ABI PRISM® 3730XL Analyzer, 96 capillary type (Applied Biosystems).
Kết quả:
Nhóm 1: Kiểu gen 1 chiếm nhiều nhất: 59,98% (trong đó kiểu gen 1 là 9,39%, 1a là 12,96%, 1b là 37,63%); kế tiếp là kiểu gen 6: 24,15% (trong đó kiểu gen 6 là 1,28%, 6a là 22,68%, 6b là 0,19%), kiểu gen 2 chỉ chiếm 15,82% (với kiểu gen 2 là 0,3%, 2a là 13,67%, 2b là 0,52%, 2c là 1,19% và 2d là 0,14%), và ít nhất là kiểu gen 3: 0,05% (Gồm kiểu gen 3a và 3b là 0,025%).
Nhóm 2: Kiểu gen 6 chiếm nhiều nhất: 46,59% (trong đó kiểu gen 6 là 1,14%, 6a là 19,31%, 6e là 23,86%, 6h là 1,14%, 6r là 1,14%); kế tiếp là kiểu gen 1 : 42,05 % (trong đó kiểu gen 1a là 29,55%, 1b là 12,50%); ít nhất là kiểu gen 2: 11,36% (trong đó 2a là 1,14% , 2m là 10,22%).
Nhóm 3: Kiểu gen 1 chiếm nhiều nhất: 78,21% (trong đó kiểu gen 1a là 36,63%, 1b là 41,58 %) ; kế tiếp là kiểu gen 6 : 19,80 % (trong đó kiểu gen  6a là 0,99%, 6e là 14,85%, 6h là 1,98%, 6p là 0,99%, 6t là 0,99%); ít nhất là kiểu gen 2: 1,98% (trong đó toàn là 2m).
Kết luận:
Khi dùng kỹ thuật xác định genotype của siêu vi C trên đoạn gen NS5B thì kiểu gen 6 có tỉ lệ cao nhất. Chúng tôi cũng thấy rằng nếu dùng kỹ thuật xác định genotype trên đoạn gen 5'UT thì tỉ lệ lẫn kiểu gen 6 vào kiểu gen 1 khi xác định trên đoạn gen NS5B là 19,80% trong đó kiểu gen 6e chiếm đa số là 75% trong nhóm kiểu gen 6.

 THE DIFFERENT INCIDENCES OF HCV GENOTYPES USING TWO DIFFERENT REGIONS OF CLASSIFICATION: 5'NC AND NS5B IN VIETNAMESE PATIENTS AT MEDIC MEDICAL CENTER

Pham Thi Thu Thuy
Ho Tan Dat
Nguyen Bao Toan
Medic Medical Center- Ho Chi Minh City

ABSTRACT
Background:
HCV genotypes are clinically important for predicting the response to and determining the duration of therapy. Especially with the advent of new DAAs demonstrating that these regimens depend on the HCV genotypes, determining genotypes is very important. Some studies indicated that using the 5'NC region to define HCV genotypes led to mis-classification of genotype 6 into genotype 1. These errors were not seen when using NS5B or core regions.
Aim:
- Identify HCV genotypes using 5'NC and NS5B regions.
- Confirm previous studies that indicated mis- classification of HCV genotypes using 5'NC.
- Establish prevalence of HCV genotypes using NS5B.
Methods:
This was a retro- sectional study. We studied 3 groups of patients: Group I included 3686 patients using 5'NC region (male 48.86%, female 51,14% with mean age of patients 49.20 ± 11.48 from January
2007 to August 2011); Group II included 176 patients using NS5B (male 43.19% , female 56.81% with mean age of patients 50.01 ± 8.63 from August 2013 to May 2014); Group III included 101  patients with genotype 1 using 5’NC who were randomly  genotyped again by using NS5B (male 41.58%, female  58.42%  with mean age of patients  53.12 ± 11.02 from August 2013  to April 2014).
We performed the sequencing of the hepatitis C virus genome: using 5’NC Trugene system of Siemens, using NS5B with system of ABI PRISM® 3730XL Analyzer, 96 capillary type (Applied Biosystems).
Results:
Group I: Genotype 1 was the most common 59.98% (genotype 1: 9.39%, 1a: 12.96%, 1b: 37.63%); genotype 6: 24.15% ( genotype 6: 1.28%, 6a: 22.68%, 6b: 0.19%), genotype 2: 15.82% ( genotype 2: 0.3%, 2a: 13.67%, 2b: 0.52%, 2c:1.19% and  2d: 0.14%), and genotype 3: 0.05% ( genotype 3a: 0.025% and  3b: 0.025%).
Group II: Genotype 6 was the most common: 46.59% (genotype 6: 1.14%, 6a: 19.31%, 6e: 23.86%, 6h: 1.14%, 6r: 1.14%); genotype 1: 42.05% (genotype 1a: 29.55%, 1b: 12.50%); genotype 2: 11.36% ( genotype 2a: 1.14%, 2m: 10.22%).
Group III: Genotype 1 was the most common: 78.21% (genotype 1a: 36.63%, 1b: 41.58 %); genotype 6: 19.80 % (genotype 6a: 0.99%, 6e: 14.85%, 6h: 1.98%, 6p:  0.99%, 6t: 0.99%); genotype 2: 1.98% (only genotype 2m).
Conclusion:
Using 5'NC suggested that genotype 1 was the most common in Vietnam. However  using NS5B region the rate of HCV genotype 6  was higher than using 5'NC region, and was the most common genotype in Vietnam. The rate of mis-classification of genotype 6 into genotype 1 when using 5'NC was 19.80%. In this group genotype 6e had the highest rate at 75%.

TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI 2 VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU: 5’NC VÀ NS5B CỦA BỆNH NHÂN VIỆT NAM TẠI TRUNG TÂM Y KHOA MEDIC.

Phạm Thị Thu Thủy
Hồ Tấn Đạt
Nguyễn Bảo Toàn
Trung Tâm Y Khoa Medic -TP HCM

1. Đặt vấn đề:

Theo Tổ chức y tế thế giới (WHO) 2014 trên thế giới có hơn 185 triệu người nhiễm siêu vi viêm gan C (HCV) với 350.000 người chết mỗi năm 31., như vậy HCV vẫn là một tên giết người thầm lặng và vẫn là một trong những tác nhân chính gây nên biến chứng xơ gan và ung thư gan. Có rất nhiều tiến bộ trong điều trị HCV, đặc biệt là các thế hệ thuốc uống mới như DAA (Direct-Acting Antiviral) đã và đang được công nhận, tuy nhiên để điều trị hiệu quả viêm gan siêu vi C với giá tiền chấp nhận được vẫn là một thách thức lớn đối với các bác sĩ chúng ta.
Một trong những tiêu chí quan trọng bắt buột phải làm trước khi điều trị HCV là phải xác định chính xác kiểu gen của HCV cho dù điều trị với Peginterferon/Ribavirin hay là điều trị với các thế hệ thuốc mới DAA 11, 13, 31 vì mỗi kiểu gen HCV sẽ có thời gian điều trị khác nhau, tiên lượng tỉ lệ thành công của điều trị khác nhau, và đặc biệt các thuốc DAA sẽ chỉ được chỉ định cho các kiểu gen nhất định. Kiểu gen HCV phân bố khác nhau tùy theo vùng địa dư, mỗi châu lục hay mỗi nước sẽ có những kiểu gen nổi trội khác nhau 11, 13, 31. Trước đây khi xác định kiểu gen HCV ở người Việt Nam chủ yếu là kiểu gen 1 khi thực hiện việc xác định kiểu gen trên vùng 5’NC 10, 18, 19, 20, tuy nhiên những nghiên cứu sau đó cho thấy có sự lẫn của kiểu gen 6 vào kiểu gen 1 khi xác định kiểu gen dựa trên đoạn gen C (Core) hay NS5B và kết quả là kiểu gen 6 hay gặp ở người Việt Nam 2, 3, 4, 5, 13, 17, 24, 28, 29. Do đó chúng tôi tiến hành nghiên cứu đánh giá tỉ lệ khác nhau của kiểu gen HCV với 2 vùng giải trình tự khác nhau là 5’NC và NS5B của bệnh nhân Việt Nam tại Trung Tâm Y Khoa MEDIC với 2 mục đích sau:
-  Xác định tần suất kiểu gen của bệnh nhân Việt Nam viêm gan siêu vi C mạn điều trị tại Trung Tâm Y Khoa MEDIC khi giải trình tự trên đoạn gen 5’NC và NS5B.
-  Tìm hiểu tần suất của các kiểu gen khác nhau khi thực hiện giải trình tự trên đoạn gen NS5B ở các trường hợp đã xác định kiểu gen 1 khi giải trình tự trên đoạn gen 5’NC.

2. Vật liệu và phương pháp:

Đây là 1 nghiên cứu hồi cứu cắt ngang. Chúng tôi hồi cứu trên 3 nhóm bệnh nhân có xét nghiệm định kiểu gen HCV tại Trung tâm Y khoa MEDIC:
Nhóm 1 là tổng cộng 3686 trường hợp định kiểu gen siêu vi C trên đoạn gen 5’NC từ
tháng 01/2007 đến tháng 08/2011.
Nhóm 2 là tổng cộng 176 trường hợp định kiểu gen siêu vi C trên đoạn gen NS5B từ tháng 8/2013 đến tháng 5/2014.
Nhóm 3 là 101 trường hợp lấy ngẫu nhiên kiểu gen 1 khi xác định trên đoạn gen 5’NC xác định lại kiểu gen siêu vi C trên đoạn NS5B từ tháng 8/2013 đến tháng 4/2014.
Tất cả bệnh nhân đều đã được chẩn đoán viêm gan siêu vi C mạn và có chỉ định xét nghiệm kiểu gen HCV để điều trị Peginterferon Alfa/Ribavirin. Các bệnh nhân đều có tiêu chuẩn loại trừ như đồng nhiễm HBV, HIV, uống rượu nhiều, có thai hay đang cho con bú, có bệnh về máu như bạch cầu hoặc Hb hoặc tiểu cầu thấp, có bệnh tim mạch hay tuyến giáp hay trầm cảm không kiểm soát, không sẵn sàng ngừa thai.
Xác định kiểu gen HCV trên đoạn gen 5’NC: Các mẫu huyết thanh của bệnh nhân sẽ được tách chiết HCVRNA bằng hệ thống xử lý mẫu tự động COBAS® AmpliPrep rồi thực hiện RT-PCR để cho sản phẩm dài 244bp của vùng 5’ không mã hóa (5’NC). Các sản phẩm PCR này sẽ được giải trình tự trên hệ thống giải trình tự tự động TruGene của hãng Siemens, các dữ liệu thu nhận được sẽ phân tích và so sánh trên phần mềm GeneObject TM của máy, từ đó sẽ xác định được các kiểu gen của HCV.
Xác định kiểu gen HCV trên đoạn gen NS5B: Các mẫu huyết thanh của bệnh nhân sẽ được tách chiết HCVRNA bằng hệ thống xử lý mẫu tự động COBAS® AmpliPrep rồi thực hiện RT-PCR, dùng thuốc thử giải trình tự  là ABI PRISM® BigDyeTM Terminator Cycle Sequencing Kits, máy PCR của MJ Research PTC-225 Peltier Thermal Cycler, máy giải trình tự ABI PRISM® 3730XL Analyzer, 96 capillary type (Applied Biosystems), qui trình thực hiện theo công ty Macrogen, 9F World Meridian Center #60-24 Gasan-dong, Geumchun-gu. Seoul, Korea, 153-023.
Các dữ liệu được phân tích bằng phần mềm SPSS for Win, Version 17 với ngưỡng p < 0,05 được xem là có ý nghĩa thống kê.

3. Kết quả:

Nhóm 1 là tổng cộng 3686 trường hợp định kiểu gen siêu vi C trên đoạn gen 5’NC: Nam chiếm 48,86%, nữ chiếm 51,14% với độ tuổi trung bình là 49,20 ± 11,48.
Nhóm 2 là tổng cộng 176 trường hợp định kiểu gen siêu vi C trên đoạn gen NS5B: Nam chiếm 43,18%, nữ chiếm 56,81% , với độ tuổi trung bình là 50,01 ± 8,63.
Nhóm 3 là 101 trường hợp lấy ngẫu nhiên kiểu gen 1 khi xác định trên đoạn gen 5’NC xác định lại kiểu gen siêu vi C trên đoạn NS5B: Nam chiếm 41,58%, nữ chiếm 58,42% với độ tuổi trung bình 53,12 ± 11,02.

Bảng 1. Tỉ lệ kiểu gen và dưới kiểu gen HCV khác nhau tùy thuộc vùng giải trình tự.

Bảng 2. Tỉ lệ lẫn kiểu gen 2 và 6 vào 101 trường hợp kiểu gen 1( Xác định trên đoạn gen 5’NC) khi xác định lại kiểu gen trên đoạn gen NS5B.

Bảng 3. So sánh tỉ lệ khác nhau kiểu gen 1 và 6 khi định kiểu gen trên 2 đoạn khác nhau 5’NC và NS5B.

4. Bàn luận:

Kiểu gen siêu vi viêm gan C.
Siêu vi viêm gan C là một trong những siêu vi được phân ra làm nhiều kiểu gen (Genotype) và dưới kiểu gen (Subtype) khác nhau. Vì không có sự thống nhất tên gọi làm cho việc định kiểu gen khác nhau, từ đó ý nghĩa kiểu gen trong điều trị HCV sẽ khác nhau vì một số nơi có thể định các kiểu gen giống nhau ra các tên gọi khác nhau. Ví dụ như từ năm 1994, Hajime Tokita và cộng sự đã xác định các kiểu gen của bệnh nhân Việt Nam như là kiểu gen 7, 8 và 9 9 . Năm 2002, Anouk T. Dev và cộng sự khi thực hiện việc xác định kiểu gen HCV trên đoạn 5’NC và đoạn lõi (Core) ở các bệnh nhân Đông Nam Á nhận thấy các kiểu gen 7, 8, 9 lẫn vào kiển gen 1b 1. Để cho thống nhất tên gọi các kiểu gen HCV, năm 2005 Peter Simmonds và cộng sự đã đề xuất các cách phân loại kiểu gen HCV 22 và được sử dụng cho đến nay. Theo đó HCV được phân ra làm 6 kiểu gen chính, và mỗi kiểu gen sẽ có các dưới kiểu gen khác nhau ( Cho đến nay được chia hơn 80 các dưới kiểu gen) dựa vào các chữ cái a, b, c ..., và các xét nghiệm định kiểu gen thường ở đoạn gen 5’NC vì 5’NC thường là đoạn đích của các xét nghiệm tìm HCVRNA vì nó có tính bảo tồn cao, đồng thời độ tương hợp với xác định kiểu gen ở các đoạn gen khác hay NS5B đến 95%, tuy nhiên các tác giả cũng có lưu ý một số chủng kiểu gen 6 ở vùng Đông Nam Á có thể lẫn vào kiểu gen 1 22. Theo bảng phân loại mới thì kiểu gen 10a thành 3k, các kiểu gen 7a, 7d, 7b, 7e/7c, 11a, 9a, 9b, 9c, 8b và 8a thành các kiểu gen 6e, 6c, 6d, 6f, 6g, 6h, 6i, 6j, 6k và 6l, tương ứng 21, 22.
Đánh giá các kỹ thuật và các vùng xác định kiểu gen HCV của các nghiên cứu trên thế giới.
Có rất nhiều nghiên cứu khác nhau để đánh giá kỹ thuật nào phù hợp cho việc xác định kiểu gen HCV cũng như vùng gen đích nào thích hợp trong việc xác định kiểu gen HCV. Tại Brazil có thể xác định kiểu gen HCV trên một trong các đoạn gen lõi (Core), E1 , NS4, NS5 cũng như đoạn 5’NC 21. P. Halfon và cộng sự nhận thấy việc xác định kiểu gen trên đoạn 5’NC với kỹ thuật giải trình tự TRUGENE hay kỹ thuật LiPA đều cho kết quả đáng tin cậy và được xem như một xét nghiệm thường qui trong lâm sàng, tuy nhiên khả năng định dưới kiểu gen không được cao 23. Trong một nghiên cứu đa trung tâm so sánh việc định kiểu gen trên đoạn NS5B và 5’NC, Syria Laperche và cộng sự kết luận định kiểu gen trên đoạn 5’NC đủ cho điều trị trên lâm sàng, tuy nhiên định kiểu gen ở đoạn NS5B đáng tin cậy hơn khi xác định dưới kiểu gen cũng như các trường hợp kiểu gen hỗn hợp, là những thông tin cần thiết cho nghiên cứu dịch tể 27 .
Trong một nghiên cứu đánh giá 2 phương pháp định kiểu gen trên đoạn 5’NC của TRUGENE và LiPA thế hệ 2, Frederick S. Nolte và cộng sự nhận thấy việc định kiểu gen thì chính xác với đoạn gen 5’NC nhưng lại không chính xác ở mức độ dưới kiểu gen 8. Tương tự, Evelyn Stelzl và cộng sự xác định kiểu gen HCV trên đoạn 5’NC với hệ thống TRUGENE và so sánh với kỹ thuật LiPA thế hệ 2 (Có thêm đoạn gen Core) và giải trình tự đoạn NS5B: Kết quả cho thấy LiPA thế hệ 2 cùng với giải trình tự đoạn NS5B có ưu điểm hơn và định kiểu gen, dưới kiểu gen chính xác hơn 6. K. Sandres – Sauné và cộng sự nghiên cứu so sánh định kiểu gen trên đoạn 5’NC (TRUGENE) và đoạn NS5B thì thấy 2 đoạn gen đều xác định kiểu gen với độ chính xác cao và có thể dùng trong thực hành lâm sàng, tuy nhiên với đoạn gen NS5B cho phép định dưới kiểu gen chính xác hơn cũng như xác định được nguồn lây nhiễm HCV 12.
Trong một nghiên cứu so sánh 2 thế hệ LiPA ở các nước phương Tây, Franc¸oise Bouchardeau và cộng sự nhận thấy LiPA thế hệ 2 có khả năng xác định chính xác kiểu gen và dưới kiểu gen so với LiPA thế hệ trước đó 7. Trong một nghiên cứu khác, M.P. Espírito-Santo và cộng sự so sánh việc định kiểu gen của LiPA thế hệ 1 với giải trình tự đoạn NS5B thì thấy 2 kỹ thuật đều xác định kiểu gen giống nhau, tuy nhiên giải trình tự đoạn NS5B có ưu điểm hơn trong xác định dưới kiểu gen giúp ích rất nhiều cho nghiên cứu dịch tể 15.  Tương tự, trong nghiên cứu so sánh kỹ thuật LiPA thế hệ 1 và giải trình tự đoạn NS5B trong xác định kiểu gen HCV, Sueli M Nakatani và cộng sự nhận thấy không có sự khác nhau trong việc xác định kiểu gen giữa 2 phương pháp, tuy nhiên giải trình tự đoạn NS5B giúp xác định chính xác các dưới kiểu gen hơn 25.
Trong nghiên cứu đánh giá việc xác định kiểu gen ở các bệnh nhân từ Việt Nam và Thái Lan, Suwanna Noppornpanth và cộng sự thấy LiPA thế hệ 2 định chính xác kiểu gen hơn so với LiPA thế hệ 1, đồng thời phát hiện sự lẫn kiểu gen 6c, 6l trong các kiểu gen 1 khi xác định trên đoạn gen 5’NC 26. Năm 2004, Mindie H. Nguyen và cộng sự giải trình tự đoạn gen lõi (Core) ở bệnh nhân Việt Nam tại Mĩ thì thấy kiểu gen 1 chiếm 44% và xác định được các kiểu gen 6, 7, 8, 9 hay gặp thứ 2 14, tuy nhiên theo phân loại sau này thì kiểu gen 7, 8, 9 được xếp vào kiểu gen 6 22.
Như vậy, đa số các nghiên cứu đều công nhận việc xác định kiểu gen trên đoạn 5’NC dù với kỹ thuật giải trình tự (TRUGENE) hay kỹ thuật lai ngược các đoạn dò (LiPA thế hệ 1) đều được xử dụng trong điều trị HCV ở các nước trên thế giới, đồng thởi cũng khuyến cáo ở các nước Đông Nam Á trong đó có Việt Nam sẽ có sự lẫn kiểu gen 6 vào kiểu gen 1. Việc xác định kiểu gen HCV dựa trên đoạn gen lõi (Core) hay đoạn NS5B sẽ giúp xác định chính xác các kiểu gen cũng như dưới kiểu gen, các trường hợp nhiễm hỗn hợp và giúp ích rất nhiều trong nghiên cứu dịch tể.
Kiểu gen và dưới kiểu gen HCV khác nhau tùy thuộc vùng giải trình tự 5’NC và NS5B ở bệnh nhân Việt Nam.
Khi xác định kiểu gen HCV ở người Việt Nam trên đoạn 5’NC, Hồ Tấn Đạt và cộng sự dùng kỹ thuật LiPA thế hệ 1 cho kết quả kiểu gen 1 nhiều nhất (58,4%) với kiểu gen 1b là chủ yếu (45,9%), kiểu gen 6 là 23,9% với tất cả đều là 6a 10. Khi thực hiện giải trình tự với hệ thống TRUGENE định kiểu gen trên đoạn 5’NC, Nguyễn Bảo Toàn và cộng sự cho kết quả kiểu gen 1 chiếm nhiều nhất ở bệnh nhân Việt Nam (66%) với kiểu gen 1b là 45%, kiểu gen 6 chỉ có 6a là 20% 18. Một nghiên cứu khác của Nguyễn Thanh Bảo và cộng sự xác định kiểu gen bằng kỹ thuật giải trình tự trên đoạn gen 5’NC cũng cho thấy kiểu gen 1 là nhiều nhất (71%) với kiểu gen 1b là 58%, kiểu gen 6 là 6a chiếm 17% 20. Theo Nguyễn Nghiêm Luật và cộng sự, kiểu gen 1 chiếm nhiều nhất (69,4%) khi xác định kiểu gen HCV bằng kỹ thuật giải trình tự trên đoạn 5’NC với 45,7% là kiểu gen 1b, kiểu gen 6 chiếm 25% với 2 loại dưới kiểu gen là 6a (22,85%) và 6c (2,78%) 19. Trong nghiên cứu của chúng tôi, ở nhóm 1 khi định kiểu gen HCV trên đoạn 5’NC thì kiểu gen 1 cũng chiếm tỉ lệ cao nhất (59,98%) với dưới kiểu gen nhiều nhất là 1b (37,6%), kiểu gen 6 chiếm 24,15% trong đó kiểu gen 6a là nhiều nhất (22,68%) và và 6b là 0,19%  (Bảng 1). Như vậy, khi định kiểu gen HCV ở người Việt Nam trên đoạn gen 5’NC dù với kỹ thuật nào cũng đều cho kết quả kiểu gen 1 là chiếm nhiều nhất với chủ yếu là kiểu gen 1b. Nhiều thứ 2 là kiểu gen 6 mà đa số là 6a. Các kiểu gen khác như kiểu gen 2 cũng cho tỉ lệ khá giống nhau giữa các nghiên cứu, còn tỉ lệ kiểu gen 3 có thể có sự khác nhau vì số lượng mẫu có khác nhau.
Khi xác định kiểu gen HCV ở người Việt Nam trên đoạn NS5B, Van H. Pham và cộng sự đã giải trình tự và kết quả là kiểu gen 6 là chủ yếu ở bệnh nhân Việt Nam (54,4%) với  kiểu gen 6a chiếm đa số (23,6%) rồi đến kiểu gen 6e (22%) và nhiều các dưới kiểu gen khác, chiếm thứ 2 là kiểu gen 1 (30,4%) với chủ yếu là kiểu gen 1b (17,3%) 28. Duc Anh Pham và cộng sự đã thực hiện giải trình tự trên đoạn gen lõi (Core) và NS5B để định kiểu gen HCV, kết quả là kiểu gen 1 chiếm nhiều tương đương kiểu gen 6 (47,1%), tuy nhiên kiểu gen 6a là nhiều nhất (37,1%), và 2 dưới kiểu gen là 6e (8,6%) và 6l (1,4%), trong nhóm kiểu gen 1 thì 1a là nhiều nhất (30%) 5. Đông Thị Hoài An và cộng sự ứng dụng kỹ thuật Real-Time PCR trên đoạn gen 5’NC-core để xác định kiểu gen HCV ở người Việt Nam, kết quả kiểu gen 6 là nhiều nhất (48,81%), kế tiếp là kiểu gen 1 (30,56%), tuy nhiên kỹ thuật này không xác định được các dưới kiểu gen cũng như chỉ xác định được cho 3 kiểu gen khi thiết kế đoạn mồi là 1, 2, 6 và có 3,1% trường hợp không xác định được kiểu gen 3. Trong kết quả nghiên cứu của chúng tôi (Bảng 1) khi xác định kiểu gen HCV bằng kỹ thuật giải trình tự trên đoạn gen NS5B thì kiểu gen 6 cũng chiếm nhiều nhất (46,59%), trong đó kiểu gen 6e chiếm đa số (23,86%) rồi kế tiếp là kiểu gen 6a (19,3%), và có các dưới kiểu gen khác nữa như 6h (1,14%), 6e (1,14%); Đối với kiểu gen 1 chiếm vị trí thứ 2 (42,05%) với đa số là kiểu gen 1a (29,55%) và 1b (12,5%). Trong nghiên cứu của chúng tôi, tất cả các trường hợp đều xác định được kiểu gen HCV và có đa dạng các dưới kiểu gen khác nhau. Như vậy, khi xác định kiểu gen trên đoạn lõi hay NS5B ở bệnh nhân Việt Nam thì kiểu gen 6 là nhiều nhất, trong đó các kiểu gen 6e và 6a là đa số, đối với kiểu gen 1 thì chủ yếu là kiểu gen 1a và 1b.
Sự lẫn của kiểu gen 6 vào kiểu gen 1 khi xác định kiểu gen khác nhau ở đoạn 5’NC và NS5B của bệnh nhân Việt Nam.
Trước đây, các nghiên cứu về điều trị HCV kiểu gen 6 còn ít và rải rác, phác đồ điều trị với Peginterferon/Ribavirine chưa thống nhất thời gian điều trị là bao lâu, tuy nhiên thời gian gần đây có nhiều báo cáo tổng quan về viêm gan C kiểu gen 6 từ dịch tể, đặc điểm lâm sàng đến phát đồ điều trị và tiên lượng điều trị 2, 4, 16, 17, 29, 30, đặc biệt sự ra đời của các thuốc uống DAA đòi hỏi phải xác định chính xác kiểu gen HCV vì mỗi thuốc chỉ được chỉ định cho những kiểu gen nhất định ví dụ như boceprevir (BOC) và telaprevir (TVR) chỉ được công nhận cho điều trị kiểu gen 1 11, 13, 31. Đối với các bệnh nhân vùng Đông Nam Á cũng như bệnh nhân Việt Nam thì khi xác định kiểu gen HCV sẽ có việc xác định lầm kiểu gen 6 vào kiểu gen 1 khi xác định kiểu gen trên đoạn gen 5’NC 1, 2, 4, 13, 17, 22, 29. Năm 2012 phạm Hoàng Phiệt và cộng sự nghiên cứu tỉ lệ lẫn của kiểu gen 6 vào kiểu gen 1 khi xác định trên 2 đoạn gen khác nhau là 5’NC và NS5B, trong 60 trường hợp nghiên cứu có kết quả là 60% các trường hợp xác định kiểu gen bằng kỹ thuật Real-time PCR ở đoạn 5’NC xác định là kiểu gen 1 khi thực hiện giải trình tự lại trên đoạn gen NS5B cho kiểu gen 6, trong đó chủ yếu là 6e ( Chiếm tỉ lệ 80,6% của nhóm kiểu gen 6), ít hơn là 6a 24.  Trong nghiên cứu của chúng tôi với 101 trường hợp đã định kiểu gen là 1 khi giải trình tự trên đoạn 5’NC chúng tôi thực hiện lại việc xác định kiểu gen với kỹ thuật giải trình tự trên đoạn gen NS5B, kết quả vẫn là kiểu gen 1 chiếm 78,22% với kiểu gen 1a là 36,63%, 1b là 41,59%; và có 19,8% được xác định lại là kiểu gen 6 với các dưới kiểu gen là 6a (0,99%), 6e (14,85%), 6h (1,98%), 6p (0,99%) và 6t (0,99%). Như vậy kiểu gen 6e chiếm tỉ lệ cao nhất (75%) trong nhóm kiểu gen 6 lẫn vào kiểu gen 1, điều này cũng phù hợp với nghiên cứu của tác giả Phạm Hoàng Phiệt, tuy nhiên có sự khác là trong nghiên cứu của chúng tôi ghi nhận các dưới kiểu gen của chúng tôi đa dạng hơn, đồng thời tỉ lệ lẫn của kiểu gen 6 vào kiểu gen 1 chỉ chiếm 19,8% so với 60% của tác giả Phạm Hoàng Phiệt, sự khác biệt này có thể do số lượng mẫu nhỏ hoặc có thể do sự khác nhau trong vấn đề kỹ thuật Real-time PCR và giải trình tự để xác định kiểu gen HCV.
Trong bảng 3 so sánh việc khác biệt về tỉ lệ kiểu gen 1 và 6 trong việc định kiểu gen HCV ở 2 đoạn gen khác nhau (5’NC và NS5B) cùng với kỹ thuật giải trình tự chuỗi, chúng tôi nhận thấy với đoạn gen 5’NC thỉ tỉ lệ kiểu gen 1 là 59,98% nhưng với đoạn gen NS5B là 42,05% sự khác nhau có ý nghĩa thống kê ( p < 0,001). Tương tự, với kiểu gen 6 khi xác định kiểu gen với đoạn 5’NC chiếm 24,15% nhưng khi thực hiện với đoạn gen NS5B là 46,59% sự khác nhau có ý nghĩa thống kê ( p < 0,001).

5. Kết luận:

Khi dùng kỹ thuật xác định kiểu gen của siêu vi C trên đoạn gen NS5B thì kiểu gen 6 có tỉ lệ cao nhất. Chúng tôi cũng thấy rằng nếu dùng kỹ thuật xác định kiểu gen trên đoạn gen 5'UT thì tỉ lệ lẫn kiểu gen 6 vào kiểu gen 1 khi xác định trên đoạn gen NS5B là 19,80% trong đó kiểu gen 6e chiếm đa số là 75% trong nhóm kiểu gen 6. Do có sự khác nhau trong thời gian điều trị, tiên lượng thành công của điều trị giữa kiểu gen 1 và 6, cũng như các thuốc uống mới chỉ được công nhận cho những kiểu gen nhất định nên đòi hỏi phải xác định chính xác giữa kiểu gen 1 và 6, từ đó chúng tôi thấy rằng khi xác định kiểu gen HCV ở bệnh nhân Việt Nam nên chọn đoạn gen đích là đoạn lõi (Core) hay NS5B.

6. Tài liệu tham khảo.

1, Anouk T. Dev, Rhonda McCaw, Vijaya Sundararajan et al (2002). Southeast Asian Patients With Chronic Hepatitis C: The Impact of Novel Genotypes and Race on Treatment Outcome. HEPATOLOGY 2002;36:1259-1265.
2, Chalermrat Bunchorntavakul, Disaya Chavalitdhamrong, Tawesak Tanwandee (2013). Hepatitis C genotype 6: A concise review and response-guided therapy proposal. World J Hepatol 2013 September 27; 5(9): 496-504.
3, Đông Thị Hoài An, Phạm Hoàng Phiệt, Lê Bảo Trân và cộng sự (2013). Ứng dụng kỹ thuật Real-time PCR trên vùng 5’-UTR-core để xác định kiểu gen virus viêm gan C. Tạp chí Gan Mật Việt Nam số 26-2013: p 11-17.
4, D. T. Chao, K. Abe, M. H. Nguyen (2011). Systematic review: epidemiology of hepatitis C genotype 6 and its management. Aliment Pharmacol Ther 2011; 34: 286–296.
5, Duc Anh Pham, Pornsawan Leuangwutiwong, Akanitt Jittmittraphap et al (2009). High Prevalence of Hepatitis C Virus Genotype 6 in Vietnam. ASIAN PACIFIC JOURNAL OF ALLERGY AND IMMUNOLOGY (2009) 27: 153-160.
6, Evelyn Stelzl, Carola van der Meer, Remko Gouw et al (2006). Determination of the hepatitis C virus subtype: comparison of sequencing and reverse hybridization assays. Clin Chem Lab Med 2007;45:167–70.
7, Franc¸oise Bouchardeau, Jean Franc¸ois Cantaloube, Ste´phane Chevaliez et al (2007). Improvement of Hepatitis C Virus (HCV) Genotype Determination with the New Version of the INNO-LiPA HCV Assay. JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Apr. 2007, Vol. 45, No. 4: 1140–1145.
8, Frederick S. Nolte, Alicia M. Green, Kristin R. Fiebelkorn et al (2003). Clinical Evaluation of Two Methods for Genotyping Hepatitis C Virus Based on Analysis of the 5_ Noncoding Region. JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Apr. 2003, Vol. 41, No. 4: 1558–1564.
9, HAJIME TOKITA, HIROAKI OKAMOTO, FuMio TSUDAT et al (1994). Hepatitis C virus variants from Vietnam are classifiable into the seventh, eighth, and ninth major genetic groups. Proc. Natl. Acad. Sci. USA Vol. 91, November 1994, Microbiology: 11022-11026.
10, Hồ Tấn Đạt, Phạm Thị Thu Thủy, Nguyễn Thanh Tòng và cộng sự (2006). Kiểu gen của siêu vi viêm gan C ở Việt Nam. Tạp chí Y Học TP. Hồ Chí Minh, năm 2006, tập 10, số 1, p 28 – 34.
11, Jean-Michel Pawlotsky et al (2014). EASL Recommendations on Treatment of Hepatitis C 2014. APRIL 2014.
12, K. Sandres – Sauné, P. Deny, C. Pasquier et al (2003). Determining hepatitis C genotype by analyzing the sequence of the NS5B region. Journal of Virological Methods 109 (2003): 187 – 193.
13, Masao Omata, Tatsuo Kanda, Ming-Lung Yu et al (2012). APASL consensus statements and management algorithms for hepatitis C virus infection. Hepatology International. April 2012, Volume 6, Issue 2: 409-435.
14, Mindie H. Nguyen, Huy Trinh, Ruel T et al (2004). High Prevalence of Novel Genotypes in Vietnamese Patients with Chronic Hepatitis C. http://www.hcvadvocate.org/news/reports/DDW_2004/wednesday.htm .
15, M.P. Espírito-Santo, M.A.S. Carneiro, N.R.S. Reis et al (2007). Genotyping hepatitis C virus from hemodialysis patients in Central Brazil by line probe assay and sequence analysis. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (2007) 40: 545-550.
16, Nabil Antaki, Antonio Craxi, Sanaa Kamal et al (2009). The neglected hepatitis Cvirus genotypes 4, 5 and 6: an international consensus report. Liver International (2009). DOI:10.1111/j.1478-3231.2009.02188.x.
17, Nghia H. Nguyen, Philip VuTien, Huy N. Trinh et al (2010). Risk factors, genotype 6 prevalence, and clinical characteristics of chronic hepatitis C in Southeast Asian Americans. Hepatol Int (2010) 4:523–529 .DOI 10.1007/s12072-010-9181-7.
18, Nguyễn Bảo Toàn, Hồ tấn Đạt, Nguyễn Thanh Tòng và cộng sự (2005). Xác định kiểu gen của virus viêm gan C (HCV) dựa vào kỹ thuật giải trình tự chuỗi (sequencing) trên vùng 5’ không mã hóa. Tạp chí y học TP. Hồ Chí Minh – chuyên đề hóa sinh và sinh học phân tử, 9 (2): 25 – 29.
19, , Nguyễn Nghiêm Luật, Đoàn Văn Thuyết, Nguyễn Hữu Quyền và cộng sự (2012). Phát hiện các kiểu gen và kiểu gen phụ của virus viêm gan C lây nhiễm ở khu vực Hà Nội bằng kỹ thuật giải trình tự gen trực tiếp. Tạp chí Gan Mật Việt Nam số 20-2012: 13-19.
20, Nguyễn Thanh Bảo, Phạm Hùng Vân (2009). Áp dụng kỹ thuật giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR thu nhận được từ thử nghiệm RT Real – time PCR vùng 5’- NC để làm xét nghiệm định kiểu gen HCV. Tạp chí Y Hoc TP. Ho Chi Minh, Vol. 13 - Supplement of No 1 - 2009: 243 – 248.
21, Norma de Paula Cavalheiro (2007). Hepatitis C: Genotyping. The Brazilian Journal of Infectious Diseases 2007;11 (5) Suppl. 1: 25-27.
22, Peter Simmonds, Jens Bukh, Christophe Combet et al (2005). Consensus Proposals for a Unified System of Nomenclature of Hepatitis C Virus Genotypes. HEPATOLOGY 2005;42: 962-973.
23, P. HALFON, P. TRIMOULET,  M. BOURLIERE et al (2001). Hepatitis C Virus Genotyping Based on 59 Noncoding Sequence Analysis (Trugene). JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY. May 2001, Vol. 39, No. 5: 1771–1773.
24, Phạm Hoàng Phiệt, Đông Thị Hoài An, Lý Trần Thụy Vi (2012). Ở phía nam Việt Nam, phần lớn HCV-GT1 xác định bằng vùng 5’UTR thực ra là thuộc HCV-GT6 khi xác định vùng NS5B: Số liệu từ phòng khám gan mật Sài Gòn (SLC). Tạp chí Gan Mật Việt Nam số 20-2012: 7-12.
25, Sueli M Nakatani, Carlos A Santos, Irina N Riediger et al (2011). Comparative performance evaluation of hepatitis C virus genotyping based on the 5’ untranslated region versus partial sequencing of the NS5B. Virology Journal 2011, 8:459.
26, Suwanna Noppornpanth, Erwin Sablon, Kathy De Nys et al (2006). Genotyping Hepatitis C Viruses from Southeast Asia by a Novel Line Probe Assay That Simultaneously Detects Core and 5_ Untranslated Regions. JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Nov. 2006, Vol. 44, No. 11: 3969–3974.
27, Syria Laperche, Franc¸oise Lunel, Jacques Izopet et al (2005). Comparison of Hepatitis C Virus NS5b and 5_ Noncoding Gene Sequencing Methods in a Multicenter Study. JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Feb. 2005, Vol. 43, No. 2: 733–739.
28, Van H. Pham, Huyen D. P. Nguyen, Phat T. Ho et al (2011). Very High Prevalence of Hepatitis C Virus Genotype 6 Variants in Southern Vietnam: Large-Scale Survey Based on Sequence Determination. Jpn. J. Infect. Dis.; 64: 537-539.
29, Vo Duy Thong, Srunthron Akkarathamrongsin, Kittiyod Poovorawan et al (2014). Hepatitis C virus genotype 6: Virology, epidemiology, genetic variation and clinical implication. World J Gastroenterol 2014 March 21; 20(11): 2927-2940.
30, Wantuck JM, Ahmed A, Nguyen MH (2014). Review article: the epidemiology and therapy of chronic hepatitis C genotypes 4, 5 and 6. Aliment Pharmacol Ther. 2014 Jan;39(2):137- 147.
31, WHO (2014). GUIDELINES FOR THE SCREENING, CARE AND TREATMENT OF PERSONS WITH HEPATITIS C INFECTION. APRIL 2014.